【物語】
「フロンティア」船団に、近隣の「マクロス・ギャラクシー」船団出身のアイドル・シンガー「シェリル・ノーム」がコンサートのために来艦する。シェリルは銀河ネットワークのヒットチャートで常に上位にランクインする誇り高きトップ・アイドルである。そんなシェリルにあこがれる少女がいた。その少女の名は「ランカ・リー」。
ランカは中華レストランでアルバイトをする、ごく普通の女子高生。彼女の身寄りは、年のはなれた兄オズマ一人だけ。
オズマは特殊な軍事部隊SMSでバルキリー部隊を率いる精鋭パイロットだった。だが、妹思いのオズマは自分が危険な戦闘機乗りであることを隠していた。
ランカは念願だったシェリルのコンサート会場に急ぐ途中、パイロット養成コースの高校生「早乙女アルト」と出会う。学園生活の中でのありふれた偶然の出会い・・・。
と、そんな中、突如「フロンティア」は未知なる敵と遭遇。しかも敵は地球人でも異星人でもなく、未知の宇宙生物。次々とダメージを受ける新・統合軍部隊。それは新・統合軍のVF部隊をも脅かす強力な攻撃能力を持っていた。宇宙生物は市民たちの居住エリアに侵入。事態の収拾に、オズマ率いるＳＭＳのVF-25部隊が出動した。果たして宇宙生物の数は?能力は?目的は?
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